为协助北京市属相关藏书单位进行古籍保护工作，北京市古籍保护中心依托首都图书馆一流的藏书环境和严格的管理制度，为一些藏有古籍但无保存书库和专业设备的单位代存代管图书。首图的古籍书库，安装有恒温恒湿机组、空调通风系统和空气净化器，在常年恒定内部温湿度的情况下，保证了空气的流通和清新，能够有效延缓文献纸张的酸化和老化。此外书库配有监听监控设备和防水防火报警系统，全方位保证了书库的安全。
首都图书馆自2007年起已先后为东城区图书馆、崇文区图书馆等单位代存代管古籍。自北京市古籍保护中心在首图挂牌以来，为进一步推进北京地区古籍保护工作，首都图书馆已逐渐在接收古籍的程序和制度上日趋完善，以协商签署代管合同的形式明确双方权责，以期使古籍得到更好的保护和利用。
